Khi Itō trở về, một trong những hành động đầu tiên của chính phủ là thiết lập hệ thống quý tộc kazoku với các cấp bậc mới cho quý tộc. 500 người từ quý tộc cũ trong triều, cựu daimyō, samurai và dân thường đã có đóng góp có giá trị cho chính phủ được chia thành 5 bậc: công, hầu, bá, tử, và nam.

Itō được giao phụ trách Cơ quan Điều tra hệ thống Hiến pháp năm 1884, và Hội đồng Quốc gia được thay thế năm 1885 bằng nội các, do Itō làm Thủ tướng. Vị trí Chưởng ấn quan, Tả Đại thần, và Hữu Đại thần, đã tồn tại từ thế kỷ 7 như các vị trí cố vấn cho Thiên hoàng, đều bị bãi bỏ. Thay vào đó, Cơ mật viện được thành lập năm 1888 để đánh giá hiến pháp sắp tới và tham mưu cho Thiên hoàng. Để củng cố hơn nữa quyền lực của nhà nước, Hội đồng chiến tranh tối cao được thành lập dưới quyền lãnh đạo của Yamagata Aritomo một người quê Chōshū nổi tiếng về việc thành lập Lục quân Đế quốc Nhật Bản hiện đại và sẽ trở thành người đầu tiên là Thủ tướng theo Hiến pháp. Hội đồng chiến tranh tối cao phát triển một hệ thống bộ tham mưu kiểu Đức với một Tổng tham mưu trưởng báo cáo trực tiếp với Thiên hoàng và có thể bổ nhiệm độc lập Bộ trưởng lục quân và các viên chức dân sự.